Die Anfänge des Botanischen Gartens gehen auf das Jahr 1609 zurück, als Landgraf Ludwig von Hessen-Darmstadt der zwei Jahre zuvor, der in Gießen gegründeten Universität ein Lustgärtchen am Schloßturm zur Einrichtung eines "hortus medicus" (Heilpflanzengarten) überließ. Der Botanische Garten der Justus-Liebig-Universität ist somit der älteste botanische Universitätsgarten Deutschlands, dessen alte Teile noch immer zur heutigen Anlage gehören.

1800 wurde unmittelbar neben dem Botanischen Garten der Medizinischen Fakultät ein Forstbotanischer Garten errichtet. Die ältesten noch vorhandenen Bäume stammen aus seiner Zeit, so ein Ginkgo, der 1816 für 1 Gulden 30 Kreuzer Frankfurter Wehrung aus dem Freiherrlich Riedesel'schen Garten in Stockhausen bei Herbstein bezogen wurde.

Durch den Besitz des forstbotanischen Gartens war die Universität Nachbar des Walls geworden und hatte hier das Recht des ersten Zugriffs auf Landgewinn durch das Schleifen der Befestigungsanlagen (1806-1810).

1824 wurden der Botanische Garten und der Forstgarten zusammengelegt, der Forstgarten wurde an den Schiffenberg verlegt. Ebenfalls 1824 erscheint der erste Samenkatalog (index seminum) des Botanischen Gartens, fünf Jahre später wird vom Samentausch mit 24 botanischen Gärten berichtet.